KT:n toimielimiä ovat hallitus sekä kuntajaosto, hyvinvointialuejaosto ja yritysjaosto. KT:n hallitus vastaa erityisesti keskusjärjestötason asioista sekä KT:n talouden ja toiminnan johtamisesta. Jaostot edustavat omaa jäsenistöään. Niiden tehtävänä on sopia työ- ja virkaehtosopimuksista.